La flore peut être divisée en deux groupes :
- la flore résidente est constituée d’espèces présentes de façon prolongée voire permanente au niveau de leur niche (ex : Escherichia au niveau intestinal, Staphylococcus au niveau cutanée). Ces bactéries sont dites commensales, c’est-à-dire qu'elles profitent de l’hôte sans lui être nuisible.
- la flore transitoire est composée d'espèces qui ne sont pas adaptés aux conditions écologiques où elles se trouvent, leur séjour est bref (ex : Bacillus au niveau cutanée). Ces bactéries peuvent provenir d'autres flores de l'hôte ou de l'environnement. Les bactéries de l'environnement retrouvées en bactériologie médicale sont souvent des bactéries saprophytes, c'est à dire qu'elles sont capables de se nourrir de matière organique non vivante (ex : Pseudomonas).
Il existe 4 flores principales (cutanée, respiratoire, génitale et digestive) dans lesquelles sont retrouvées des espèces qui sont résidentes chez la plupart des individus.
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Flore commensale
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Abondance
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Principales espèces
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Peau
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102-105/cm2
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Staphylocoque, microcoque, corynébactéries
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Flore buccale
Intestin grêle
Côlon
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107-108/ml
1011/g
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Streptocoques, anaérobies
Anaérobies strictes (Eubacterium, Bacteroïdes, Bifidobacterium), Entérobactéries, Enterocoques, streptocoques, staphylocoques
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Oropharynx
Trachée- bronche
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Abondante
0
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Streptococoques, Neisseria
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Urètre
Vagin
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103/ml
109/ml
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Staphylocoque, microcoque, corynébactéries
Lactobacilles (bacilles de Doderlein), anaérobies
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Examen direct de flores à la coloration de Gram
