Des milliards de microorganismes peuplent le corps humain et colonisent toutes nos interfaces corporelles. Ils sont partout : sur la peau, dans les poumons, dans la cavité vaginale, dans la bouche et la salive, dans la gorge, le rhinopharynx, et dans le système digestif. Cet ensemble de microorganismes (bactéries, archées, champignons, virus) constitue le microbiote humain qui correspond à un ensemble de véritables écosystèmes où les microorganismes vont interagir entre eux et avec leur environnement, donc nous. Ce terme "microbiote" a remplacé celui de flores qui concerne plus particulièrement les microorganismes facilement cultivables. Le terme de flore est donc encore utilisé en bactériologie médicale où l'on peut décrire les bactéries et levures présentes en culture isolées à partir d'un prélèvement humain. Le nombre de bactéries qui nous colonisent est d'environ 10 000 milliards ; leur nombre égale donc celui des cellules qui constituent l’organisme. Chaque humain abriterait 200 à 250 espèces différentes de bactéries.

Nos flores sont essentiellement constituées de bactéries commensales, c’est-à-dire des bactéries qui profitent de l’hôte sans lui être nuisible. De part leur présence, elles vont constituer entre autre une barrière biologique limitant l’implantation de micro-organismes pathogènes. Le rôle du microbiote intestinal est de mieux en mieux connu. On sait désormais qu'il joue un rôle dans les fonctions digestive, métabolique, immunitaire et neurologique.