Les flores sont très souvent polymicrobiennes. Leur examen direct permet souvent de voir différents groupes bactériens (cocci à Gram +, bacilles à Gram -,...), mais il ne permet pas de savoir s'il y a plusieurs espèces (par exemple, des Staphlyococcus hominis et des Staphylococcus epidermidis sur un prélèvement cutané), ni s'il y a une espèce pathogène (ex : Staphlyococcus aureus).
L'examen direct dans les prélèvements de sites à flore commensale est donc très peu contributif en bactériologie médicale. En revanche, la présence de leucocytes peut être informatif.
Il existe toutefois des exceptions où la coloration de Gram fait le diagnostic. C'est le cas de :
- la vaginose (dysbiose vaginale) où le diagnostic est fait sur l'examen direct du prélèvement vaginal
- l'angine ulcéronécrotique où le diagnostic est fait sur l'examen direct du prélèvement de gorge.
