Les milieux non sélectifs vont permettre la culture des bactéries potentiellement pathogènes mais également de nombreuses bactéries des flores. Il est difficile dans ces conditions de répérer et d'isoler les pathogènes.
Les milieux sélectifs utilisés pour certains prélèvements vont favoriser la croissance des bactéries pathogènes au détriment des bactéries des flores. C'est le cas des milieux utilisés pour la coproculture. Toutefois, il n'existe pas de milieu sélectif pour tous les pathogènes. Par exemple, il n'existe pas à l'heure actuelle de milieu pour favoriser la culture du pneumocoque au sein d'une flore oro-pharyngée.
